㈠飲食因素：運用測定細菌酶類的方法研究菌叢代謝活性的結果表明，飲食可使糞便菌叢發生明顯改變。無纖維食物能促進細菌易位。Spaeth G用大鼠作試驗研究，結果表明食物纖維能維持腸道菌群正常生態平衡，且細菌代謝纖維的終產物對小腸上皮有營養作用，纖維能維持腸粘膜細胞的正常代謝和細胞動力學。Hosoda等報道加入纖維的低渣飲食對保存腸的結構和功能有好的效果，纖維的保護作用是否通過直接刺激激腸粘膜或誘導釋放營養性胃腸激素尚不清楚。食物纖維能減少細菌易位，但不能使屏障功能恢復至正常。
㈡菌叢的變化因素：菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當長的時期內菌叢組成十分穩定。每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。在平衡狀態下，所有的生態學地位都被占據。細菌的暫時棲生可使生態平衡發生改變。
㈢藥物的代謝因素：腸道菌叢在許多藥物的代謝中起重要作用，包括乳果糖、水楊酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可導致結腸菌叢的改變，其取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。氯林可黴素和氨芐青黴素可造成大腸內生態學真空狀態，使艱難梭菌增殖。應用甲氰咪胍等H2—受體拮抗劑可導致藥物性低胃酸和胃內細菌增殖。
㈣年齡因素：隨著年齡的增高，腸道菌群的平衡可發生改變，雙尾菌減少，產氣莢膜桿菌增加，前者有可能減弱對免疫機能的刺激，後者導致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能維持年青時的腸道菌群平衡，也許能夠提高免疫能力。
㈤胃腸道免疫功能障礙因素：胃腸道正常免疫功能來自粘膜固有層的漿細胞，漿細胞能產生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此為胃腸道防止細菌侵入的主要物質。一旦胃腸道粘膜合成單體，或雙體IgA，或合成分泌片功能發生障礙，致使胃腸道分泌液中缺乏分型IgA，則可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌群失調，引起慢性腹瀉。無癥狀的IgA缺乏者，小腸內菌群亦可過度繁殖。新生兒期菌群失調發生率較高，亦可能與免疫系統發育未成熟或不完善有關。
㈠細菌生長過盛：胃腸道的解剖和生理學異常會導致近段小腸內結腸型叢增殖，而出現各種代謝紊亂，包括脂肪瀉，維生素缺乏和碳水化合物吸收不良。並可伴發生於小腸假性梗阻、硬皮病、糖尿病性植物神經病變、慢性營養不良等。小腸內細菌生長過盛，其多種厭氧菌（主要有類桿菌、雙岐桿菌、韋榮氏球菌、腸球菌和梭狀芽胞桿菌）能水解結合膽鹽，導致微膠粒形成障礙、肝硬化、無明顯代謝紊亂的低胃酸癥等。結腸菌叢的改變能導致因廣泛小腸切除後伴有神經功能不全的D-乳酸性酸中毒。應用廣譜抗生素，尤其是氯林可黴素和氨芐青黴素能使艱難梭菌增殖，產生一種蛋白質黴素，引起結腸粘膜壞死和潰瘍，稱為假膜性結腸炎。
㈡細菌產生IgA分解酶：溶血性鏈球菌屬、綠色鏈球菌、肺炎鏈球菌屬、流感嗜血桿菌屬、腦膜炎雙球菌，淋病雙球菌屬等菌能夠產生分解IgA的蛋白酶，並能分解人血清中的IgA1和初乳中的分泌型IgA。其中前2例細菌是構成口腔內菌群的主要菌種，後4種則為附著粘膜表面增殖的毒力性強的致病菌。由此可見，IgA蛋白酶對於這些細菌在粘膜表面作為常住菌生存或致病都是至關重要的。
㈢腸道叢與結核癌：結腸菌叢產生多種具有代謝活性的酶類，在一些自然產物、食物保存劑、染料、添加劑及污染物質變為致突變物質的反應中起媒介作用。許多細菌可因長期接觸底物而使細菌酶系系統活性增高。若此底物為致癌物原（procarcinogen），則長期接觸可使致癌物質的產生增加。
癥狀體癥
本癥以嚴重腹瀉或慢性腹瀉為主要臨床表現，在應用抗生素治療過程中，如突然發生腹瀉，或原有腹瀉加重，即有可能發生本癥。腹瀉多為淡黃綠色水樣便，有時如蛋花樣。真菌感染可呈泡沫樣稀便，有腥臭味，膿血便；葡萄球菌感染可排黃綠色稀便，每日3～20餘次，伴有腹脹，腹痛一般不著，吐瀉嚴重者可伴有脫水，電解質紊亂、血尿素氮升高、血壓下降；白色念珠菌感染一般多從上消化道開始，蔓延到小腸甚至肛周，鵝口瘡常是白色念珠菌腸炎最早的信號，如小腸粘膜糜爛或潰瘍可引起多次的無臭粘液膿性糞便，有時可呈水瀉，伴有消化不良，如治療不及時，可擴散至呼吸道、泌尿道甚至腦組織；綠膿桿菌感染能產生藍綠色熒光素使糞便帶綠色，但並不經常引起腹瀉，個別病例糞便中有粉一般腹痛輕，少數伴惡心、嘔吐、多有水、電解質紊亂，重癥可發生休克。有些旅遊者可能因氣候和環境的改變而發生腸道菌叢失調俗稱水土不服。近年來，由於冰箱的普及使用，有的傢庭儲存大量的肉食品及疏萊，過久的儲存使食物變質，食用後引起腸道菌群失調，造成嘔吐、腹瀉，有地出現精神不集中甚至精神恍惚。
臨床常見腸道菌群失調癥狀類型如下：
㈠白色念珠菌性腸炎：是腸道菌群失調癥最常見的一種。多見於瘦弱的嬰兒、消化不良、營養不良、糖尿病、惡性腫瘤、長期應用抗生素或激素的患者。
㈡葡萄球菌性腸炎：多見於長期應用抗生素（四環素類、氨芐青黴素等）、腎上腺皮質激素和進行腸道手術的老年患者或慢性病患者。
㈢產氣莢膜桿菌性急性壞死性腸炎：產氣莢膜桿菌所產生的β黴素可引起急性壞死性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
㈣綠膿桿菌腸道感染：綠膿桿菌為條件致病菌，常為繼發感染，在嬰幼兒、老人、某些惡性腫瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮質激素等情況下最易發生感染。
㈤變形桿菌腸道感染：變表桿菌在一定條件下可為條件致病菌，如普通桿菌、奇異桿菌、摩根氏變形桿菌均可引起食物中毒，無恒變形桿菌可引起嬰幼兒夏季腹瀉。
㈥肺炎桿菌腸道感染：當機體抵抗力降低或其他原因，正常寄生在腸道的肺炎桿菌可引起感染，特別是小兒的嚴重腹瀉。
預防：合理應用抗生素。對年老體弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素時，嚴格掌握適應癥，最好能作藥物敏感試驗，選擇最敏感的抗生素。對老、細及病後體弱者，在用抗生素的同時並配合使用乳酸菌素或雙岐桿菌活菌制劑及維生素B族或維生素C等，以防腸道菌群失調。在大手術前，應註意配合全身支持療法，如提高營養、輸血、肌註丙種球蛋白、服用維生素等。
保健品查詢腸道菌群失調癥中醫治療方法中藥治療：中醫認為：“泄瀉之本，無不由於脾胃”。急性泄瀉病多偏實，責在脾胃;慢性泄瀉病多為虛，每及脾腎。前者當清熱化濕，後者應高補脾腎。中藥中的清熱解毒藥對體液免疫有影響，如蒲公英、白花蛇舌草等能促進抗體生成，魚腥草能提高備解素濃度，而備解素、C3、Mg++組成的備解系統對痢疾桿菌、沙門氏菌、綠膿桿菌等革蘭氏陰性桿菌有一定殺滅作用，是機體產生抗體前的一種重要的非特異性的免疫防禦功能。在應用中醫辯證論治治療腸道菌群失調時，均應考慮以上藥物的作用，於清熱化濕、補氣健脾、和胃滲濕、溫腎健脾等法中，適當配伍應用則效果比較理想。
(一)辨證施治：
1.感受寒濕
證候：發病較急，腹痛腸鳴，大便清稀甚至如水樣，口不渴，或兼有惡寒發熱，頭痛鼻塞，肢體酸楚，舌苔白，脈濡。
治法：解表散寒，芳香化濁。
方藥：霍香正氣散《和劑局方》加減。霍香10克，紫蘇10克，白芷10克，川樸6克，大腹皮10克，半夏6克，陳皮10克，茯苓10克，白術10克，甘草6克。若表邪重者可加荊芥、防風;胸悶納呆，苔白膩，宜加蒼術、澤瀉。
2.濕熱下迫
證候：腹痛即瀉，瀉下急迫，糞便黃褐而臭，肛門灼熱，心煩口幹，小便短赤，或兼發熱惡風，舌紅苔黃膩，脈滑數。
治法：清熱利濕。
方藥：葛根芩連場《傷寒論》加減。葛根15克，黃連9克，黃芩9克，甘草6克。可加銀花、木通、車前子助其清熱利濕，使表裡雙解，濕熱分消，泄瀉得止。濕邪重者可加藿香、佩蘭、厚樸;熱邪偏重者，可選添連翹、梔子、馬齒莧。
3.脾胃虛弱
證候：大便溏瀉，反復發作，時輕時重，脘悶，納差，食後即欲大便，面色萎黃，精神倦怠，舌淡，苔薄白，脈緩弱。
治則：益氣健脾。
方藥：參苓白術散《和劑局方》加減。黨參12克，白術12克，茯苓12克，山藥12克，扁豆15克，蓮肉10克，陳皮10克，砂仁6克，苡仁10克，桔梗6克，甘草6克。若脾虛運化呆鈍，食積氣滯者可用香砂六君子湯加神曲、山楂、厚樸;若久瀉氣虛下陷者可用補中益氣湯，以益氣升提，止瀉。
4.脾胃虛寒
證候：腹痛隱隱，喜溫喜按，瀉下清稀，甚或完谷不化，手足欠溫，口幹不渴，舌談，苔白，脈細緩。
治則：溫中健脾。
方藥：理中湯《傷寒論》加減。黨參12克，白術12克，幹薑10克，甘草6克。可酌加木香、砂仁、白豆蔻合用能溫中健脾，順氣和胃。若中陽虧甚引起腸滑不禁，不能自斂，治宜溫陽固澀，用理中湯加附子，並選添河子、罌粟殼、赤石脂;若虛寒久瀉而間雜熱邪，或食濕滯積化熱者，則出現寒熱錯雜證候，用連理湯化裁。
5.脾腎陽虛
證候：黎明之前，臍腹隱痛，腸鳴即瀉，瀉後稍安，腹部畏寒，形寒肢冷，腰膝酸軟，舌苔白，脈沉細無力。
治法：溫補牌腎。
方藥：四神丸《證治準繩》合附子理中丸《閻氏小兒方藥》加減。附子10克，補骨脂12克，吳萸12克，肉蔻12克，五味子15克，黨參10克，白術12克，幹薑10克，甘草6克。若腹脹加廣木香;年老體衰久瀉不止者可用四神九合養臟湯加減。
(二)其它療法
1.單驗方：大蒜100克，搗爛後加入生理鹽水100毫升，保留灌腸，一日3～4次。二花10克，梔子10克，地榆15克，公英10克，防風10克，黃連10克，白芍10克，甘草10克，水煎適量，80～100毫升待溫後保留灌腸，一日2～3次。
2.針灸：運用針灸治療泄瀉，在穴位配取、運針手法以及留針時間上都須嚴謹。脾胃虛寒者：取天樞、大腸俞、中脘、氣海(均用灸法)。濕熱下迫者：取下脘、合谷、內庭(均用瀉法)。脾虛濕盛者：取脾俞、水分(均灸)，陰陵泉、公孫(均瀉)。脾腎陽虛者：取命門、關元、百會(均灸)，腎俞、脾前(均用補法)。
中藥材查詢腸道菌群失調癥西醫治療方法藥物治療：
1、飲食調整：發酵性腹瀉應限制碳水化合物;腐敗性腹瀉應限制蛋白質的攝入。增強腸粘膜的局部防禦屏障功能，防止細菌易位，應增加纖維食物。
2、抗菌藥物：立即停止原抗生素，應根據菌群分析以及抗菌藥物敏感試驗，選用合適的抗生素以及抑制過度繁殖的細菌，從而間接扶植腸道繁殖不足的細菌。此外還可采用廣譜抗菌藥物將腸道細菌大部分消滅，然後再灌入正常腸道菌群的菌液以使其恢復。
3、活菌制劑：目前常用的活菌制劑有嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳桿菌、芽胞乳桿菌、分叉乳桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、糞桿菌和枯草桿菌等。其中以分叉乳桿菌制劑療效最好。枯草桿菌制劑療效也較好，其療效機制可能是由於該菌是需氧的，能吸收氧氧，降低腸腔氧化還原電位，支持厭氧菌(類桿菌、乳桿菌)生長，從而間接扶植瞭正常菌菌群。還可以用正常人大便懸液做成復方活菌制劑用來治療葡萄球菌引起的偽膜性腸炎，收到較好的效果。用乳酸鏈球菌制成的乳酶生，臨床廣泛應用效果亦好。適用腸道正常菌群中繁殖不足的耐藥株做成制劑，以利定值，亦是調整腸道菌群失調的有效方法。目前最新的生物制品麗珠腸樂(回春生膠囊)為雙岐桿菌活菌制劑(bifidobiogne)，據藥一研究表明該制劑具有屏障作用、控制內黴素血癥作用、營養作用、抗腫瘤作用、免疫增強作用、抗衰老作用等。
4、菌群促進劑：口服菌群促進劑，亦可達到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植在腸桿菌，用葉酸扶植腸球菌，兒童常用分叉桿菌因子促進分叉乳桿菌生長。應用半乳糖甙一果酸，受細菌分解後形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他細菌，而支持乳桿菌生長。
5、耐藥性腸球菌制劑：日本目黑氏等采用增厚傳代培養法獲得瞭耐鏈黴素、紅黴素、四環節、氨芐青黴素的腸球菌一類鏈球菌BIO—4R株。經動物和人體內試驗表明，本菌具有耐多種抗菌素性，故能阻止其他菌群異常繁殖，克服菌群失調，改善大便性異常，且比以往單用抗菌素治療療效迅捷，並能防止糞鏈球菌BIO—4R株的耐藥因子向大腸桿菌K—12株轉移。
藥療是根本，而食療能輔助藥物的治療，那麼腸道菌群失調癥的食療和飲食又是怎麼樣的？
藥品查詢㈠菌群分析：為主要檢查方法，有定性分析和定量分析2種。
1、定性分析：與一般微生物學檢查相同，如葡萄球菌炎糞便塗片革蘭氏染色可發現成堆的陽性葡萄球及中性多形核細胞，糞便培養可有大量葡萄球菌生長。白色念珠菌性腸炎可采取其病理材料直接塗片，經氫氧化鉀溶液處理並革蘭氏染色，鏡檢可見成簇的卵圓形白色念珠菌。革蘭氏染色陽性，細胞內著色不均勻、細菌培養可形成奶油色表面光滑細菌樣落，帶有酵母氣味。但除三度比例失調（即菌群交替癥）能檢出外，其他比例失高則難以分析。因此，除定性檢查外，尚需進一步作定量檢查，以判斷數值是否正常。
2、定量檢查：首先需將糞質均質化，並按一定比例稀釋，培養後還須計算各類細胞菌落計數以求出細菌總數值，手續麻煩，一般實驗室很少采用。正常菌群分析所用的培養基，要求具有高度的選擇性，如S培養基對腸道致病菌，伊紅美藍培養基對腸道需氧的革蘭氏陰性桿菌，7.5%氯化鈉瓊脂對葡萄球菌，少鮑氏瓊脂對真菌等。培養方法除需氧培養外，必要時尚需厭氧培養，需氧培養與一般細菌培養相同，厭氧培養則采用生物厭氧法或厭氧缸法。
㈡結腸鏡檢查：腸粘膜呈彌漫性充血、水腫、血管分支模糊不清或消失。有散在的糜爛潰瘍及出血，有時可見黃色假膜附著。