(一)發病原因
引起真菌性腸炎的病原主要是念珠菌，其次是曲菌、毛黴菌、組織胞漿菌、副球孢子菌和地絲菌等。偶見球孢子菌、馬爾尼菲青真菌和新型隱球菌。
念珠菌廣泛存在於自然界，也是人體正常菌群之一，為條件致病性真菌中的主要一屬，共有150餘種。其中以白念珠菌和熱帶念珠菌最常見，且致病性較強。念珠菌為雙相型真菌，酵母體呈卵圓形或圓形，帶有單個芽生孢子，直徑2.5～5µm，可相互連接形成假菌絲，菌絲體長為5～10µm，可見成串的孢子。在培養基上24h可形成較大的頂端厚壁孢子，而在含血清沙保培養基上37℃ 1～3h可見芽管形成。念珠菌胞壁上所含甘露糖蛋白是血清學診斷的靶抗原。
曲菌屬於子囊菌亞門，有性孢子為子囊孢子，無性孢子為分生孢子，但有些種單營無性生殖。曲菌共有132個種和18個亞種。致病菌主要是煙曲菌、黃曲菌、黑曲菌等10種。病灶中的曲菌孢子大小約3～4µm，形狀不整，密集成群。曲菌菌絲長短不一，多呈桿狀，有分隔，直徑較孢子稍大，菌絲呈銳角分支，並有多根菌絲朝同一方向反復分支的傾向，排列呈放射狀或珊瑚狀。
毛黴菌屬於接合菌亞門，有性孢子為接合孢子，無性孢子為孢子囊孢子。菌絲不分隔，較粗大，壁厚具有折光性。約為曲菌菌絲的2～3倍，呈直角分支，可見膨大細胞及彎曲菌絲;孢子囊柄直接由菌絲長出。致病菌以毛黴科中的根黴屬、毛黴屬、犁頭黴屬等3類最為常見，特別是根黴屬中的少根根黴和米根黴，常侵犯胃腸道。
組織胞漿菌有莢膜組織胞漿菌和非洲組織胞漿菌之分，屬不全菌亞門，為雙相型真菌。在組織內和37℃培養基中呈酵母型。直徑2～4µm;在室溫下生長緩慢，為白色菌絲集落，有典型的齒輪狀大分生孢子。菌絲分隔，傳染性很強。
副球孢子菌亦為雙相型，在自然環境中或在25℃沙保培養基上呈菌絲相生長，菌落小，鏡下可見寬1～2µm有分隔的分支菌絲，在菌絲兩側有圓形或卵圓形、約3～6µm大小的側生小分生孢子。在組織內或在37℃血瓊脂上呈酵母相生長，形成大的卵圓形或球形酵母體，直徑10～60µm，周圍環繞多個芽生孢子，小者1～2µm，大者10～30µm。
地絲菌為酵母樣真菌，屬於不全菌亞門，叢梗孢科，地黴屬。糞等標本直接塗片經10%氫氧化鉀溶液處理後，鏡下可見細的分隔菌絲，以及長方形關節孢子，約4μm×8µm大小，革蘭染色陽性，兩個關節孢子之間無間隙，有時關節孢子一角有芽管生出。偶見圓形孢子，胞壁增厚。
真菌性腸炎的發病誘因包括：
1.廣譜抗生素的應用引起腸道菌群失調。
2.糖皮質激素、免疫抑制藥、腫瘤化療或放療等導致機體免疫功能受損。
3.存在某些基礎疾病如慢性肝病、糖尿病、AIDS等。
4.腸道營養不良和手術創傷。
(二)發病機制
真菌感染的發病機制較復雜，尚未完全清楚。感染的發生是病原菌與人體相互作用的結果。
1.機體方面 免疫功能低下，尤其是細胞免疫功能受損，吞噬細胞的數量減少，趨化性喪失，殺菌力下降等，是真菌性腸炎發病的主要因素。條件致病性真菌感染的一個特點，就是常發生在有基礎疾病的患者，這些患者的共同之處就是免疫功能低下。
2.菌體方面 如白念珠菌細胞壁含甘露糖，能加強其黏附力，且白念珠菌在組織內常呈菌絲體，與酵母體相比，不易被巨噬細胞吞噬。又如莢膜組織胞漿菌被巨噬細胞吞噬後，不易被殺死，可在巨噬細胞內繁殖，導致感染播散。而曲菌內毒素和溶蛋白酶(類胰蛋白酶)則可導致感染灶周圍組織壞死。此外，一次攝入的真菌數量亦可成為感染發生的決定因素。如Krause曾給健康人口服1012CFU(菌落形成單位)的白念珠菌，數小時後發生腸道感染，隨後出現念珠菌菌血癥。
3.醫源性因素 如應用廣譜抗生素導致腸道菌群失調，條件致病性真菌過度生長，或腸道手術增加瞭感染機會。
真菌性腸炎之病理變化，主要見於真菌侵襲腸壁各層。毛黴菌、曲菌和少數由白色念珠菌所致的腸炎，而且還可侵犯漿膜下層及腸系膜的小動脈和小靜脈，破壞管壁引起真菌性脈管炎和真菌性血栓的形成。這些病變在毛黴菌感染時尤為突出。本病有時還可由兩種真菌混合感染，如白色念珠菌合並毛黴菌，或白色念珠菌合並曲菌感染。因此病理檢查時，最好同時結合真菌培養，對病原菌進行分離鑒定，有利於診斷。而真菌感染所引起的肉芽腫和纖維性病灶，在真菌性腸炎中則少見。顯微鏡下所見：腸黏膜有局灶性壞死及潰瘍形成。潰瘍有的表淺，有的深達黏膜下層，有的表面有假膜形成。假膜有大量的真菌、纖維蛋白、壞死組織及少量炎性細胞組成。腸壁各層，尤其是黏膜下層呈充血、水腫及炎性細胞浸潤。炎性細胞多少不一，以中性粒細胞為主，並有單核細胞和淋巴細胞。有時可見到膿腫。
臨床表現
1.念珠菌腸炎 最常見，好發於兒童，尤其是營養不良或嚴重衰竭的嬰兒。主要表現為腹瀉，大便每天10～20次，呈水樣或豆腐渣樣，泡沫比較多且呈黃綠色，可伴有腹脹、低熱，甚至嘔吐，但腹痛少見。糞標本碘塗片可見大量出芽酵母和菌絲，培養多為白色念珠菌。患兒常伴有鵝口瘡。有基礎疾病的患者則往往於發病前有應用廣譜抗生素史。免疫缺陷患者易發展為播散性念珠菌病。如按一般細菌性腸炎治療，癥狀反而加劇，腹瀉呈遷延性經過，常數月不愈，且愈後易復發。
2.曲菌腸炎 好發於有基礎疾病的體力勞動者，多為煙曲菌所致。由於煙曲菌並非腸道正常菌群，故感染是外源性的，往往繼發於肺曲菌病。曲菌有侵犯血管之傾向，菌絲可穿入血管壁導致血栓形成。曲菌腸炎的臨床表現以腹痛和血便為主，可引起消化道大出血，而腹瀉常不典型，也缺乏念珠菌腸炎的遷延性經過，侵犯血管後易發展為播散性曲菌病。
3.毛黴菌腸炎 因攝入被真菌孢子污染的食物所致，好發於營養不良的兒童或有胃腸道慢性疾病的患者。臨床表現由於受累部位和感染程度的不同而差異較大。其特點是血管栓塞後引起黏膜潰瘍甚至穿孔的表現，多伴有胃的感染和胃潰瘍。可出現腹痛、腹瀉、嘔血和黑便，或腸穿孔導致腹膜炎，或侵入胃腸血管導致血行播散，病情發展快，病死率高。
4.組織胞漿菌腸炎 具有地方流行性，多見於艾滋病患者或兒童，因吸入或攝入來自污染土壤中的孢子所致。臨床經過酷似局限性腸炎或潰瘍性結腸炎。起病緩慢，有發熱、消化不良、腹瀉、黑便、腹痛，有時嘔吐。常伴有肺部感染灶，但以腸炎為主要表現。
5.副球孢子菌腸炎 繼發於肺部感染灶或經血行播散而感染。本病亦具有地方流行性。主要見於巴西中部高原，經常接觸土壤的人群較易患此病。病變多在回盲部，引起有膿腫形成的潰瘍性肉芽腫。病原菌可通過淋巴播散至局部淋巴結、肝、脾。主要癥狀是腹痛，右下腹可觸及腫塊，伴腹瀉、嘔吐，往往由於出現腹水和腹腔淋巴結腫大而易誤診為結核或腫瘤。
6.地絲菌腸炎 地絲菌和念珠菌相似，是一種內源性條件致病菌。地絲菌腸炎多見於有免疫缺陷的慢性病患者和應用免疫抑制藥、抗生素或糖皮質激素者。癥狀有腹痛、腹瀉、膿血便或黏液便，與痢疾相似，但膿血便中可查到大量地絲菌和長方形關節孢子。患者多伴有口腔地絲菌病，類似鵝口瘡。
診斷
真菌性腸炎的診斷比較困難，臨床病例多數被漏診或誤診，有些直到屍檢時才被發現。一是由於臨床癥狀一般不嚴重，缺乏特征性表現，少數甚至無明顯腹瀉，如曲菌腸炎;二是由於實驗室檢查中具確診意義的項目不多，有些項目又難以推廣應用。因此，真菌性腸炎的診斷需要運用多種方法，結合臨床經驗作綜合分析。
1.臨床診斷 組織胞漿菌和副球孢子菌腸炎具有地方流行性，患者多為流行區居民或曾去流行區旅行。條件致病性真菌在正常情況下不致病，隻有當人體免疫功能低下時才引起發病，如念珠菌、曲菌。若臨床表現不能用細菌性或病毒性感染來解釋，抗生素治療反而使癥狀加劇，腹瀉遷延不愈，同時還存在與免疫功能低下有關的基礎疾病或其他誘因如廣譜抗生素和免疫抑制藥的應用等，應考慮真菌性腸炎的可能，及時作糞標本病原學檢查或腸鏡活檢。對腹瀉伴有鵝口瘡的患者更不可忽視，必要時應用抗真菌藥做診斷性治療。
2.病原學診斷 包括真菌形態學檢查和真菌培養。若糞標本直接鏡檢發現大量菌絲和孢子，並排除污染因素可確診為真菌性腸炎。僅有少量孢子則可能為正常帶菌，意義不大。真菌培養需連續3次陽性並為同一菌種，結合臨床方可確診。對於雙相型真菌，需分別在25℃和37℃條件下培養並染色鏡檢。以鑒定真菌形態，或進一步做動物接種試驗以鑒定真菌的致病性。
3.病理學診斷 通過臨床診斷和病原學診斷仍不能確診的患者，腸鏡活檢是最後手段。在病理切片中找到菌絲和孢子，是真菌感染的直接證據，且曲菌、毛黴菌等真菌感染的病理變化又頗具特征，有診斷意義。腸活檢結果還可經動物接種試驗出現類似病理改變，來加以證實。
4.免疫學診斷 以檢測真菌循環抗原最具診斷意義，但往往因交叉反應而不能確定菌種。試驗陽性提示曾經感染，適用於流行病學調查，對急性感染的診斷價值不大。特異性檢測則常常由於患者伴有免疫功能低下而出現假陰性，應用范圍有限。
1.避免誘因 首先必須控制廣譜抗生素的應用，避免通用，減少長期應用，確因病情需要難免長期應用者應間隔一定階段加用抗真菌藥物，以防腸道菌群失調導致條件致病性真菌過度生長。其他如對慢性病患者加強營養，提高機體抵抗力;慎用糖皮質激素和免疫抑制藥;保護免疫功能低下患者口腔和腸道黏膜生理屏障的完整，減少創傷等均有助於防止真菌性腸炎的發生。
2.防止真菌污染，治療原發病灶 惡性腫瘤和血液病病房應保持通風良好和幹燥，防止真菌滋生，增加外源性感染的機會。對於艾滋病和其他免疫功能抑制患者，及時發現和治療鵝口瘡及其他部位的真菌感染，以免繼發真菌性腸炎。對於行靜脈營養的患者，以及接受血管導管檢查和手術的患者，嚴格執行無菌操作，防止真菌性醫院內感染。
3.藥物預防 對於艾滋病患者、腸道手術和器官移植術患者等高危人群，可予短期足量或長期小劑量預防用藥。
(1)血液病和惡性腫瘤患者：制黴菌素每天200萬U口服，連用5～7天，可每月應用1次。
(2)艾滋病患者：氟康唑或伊曲康唑每天100～200mg口服，每月應用5～7天，或兩性黴菌素B每周100mg口服加制黴菌素懸液漱口，3次/d，長期堅持。
(3)器官移植和腸道手術患者：制黴菌素50萬U，3次/d，口服，或氟康唑每天200mg口服，於術前3天和術後7天連用。
(4)低體重新生兒或早產兒：氟康唑12.5mg/kg口服。連服4～8周，可預防新生兒念珠菌腸炎。
(5)預防復發：真菌性腸炎尤其是副球孢子菌腸炎治療後容易復發，在艾滋病患者和其他伴有免疫功能低下的慢性病患者更是如此。預防可用兩性黴素B 50mg，每周1次靜脈滴註，或伊曲康唑200mg，1次/d，口服，用藥期間每月常規查肝功能1～2次，註意藥物的毒副作用。
保健品查詢真菌性腸炎中醫治療方法運用中醫的整體觀點，辨證施治，扶正祛邪，在提高機體免疫力和改善全身狀況的同時，加以有效的抗真菌藥治療。尤其是艾滋病並發真菌性腸炎，中西醫結合療法有其獨到的優勢。
大蒜、黃連、土槿皮、毛薑等中藥均有一定的抗真菌作用。由大蒜的有效成分——大蒜素制成的註射液，可供靜脈滴註，亦可口服。近來有人用中藥濃煎成汁灌腸，亦取得不錯的療效。
中藥材查詢真菌性腸炎西醫治療方法深部真菌病與淺部真菌病不同，患者往往有明顯的誘因和伴隨的基礎疾病，因此，對真菌性腸炎的治療必須兼顧去除發病誘因和伴隨疾病的治療，僅用抗真菌藥則療效欠佳。而且，現有的幾種療效較好的抗真菌藥均有不同程度的毒副作用，需要聯合用藥和中西醫結合治療以減少副作用和提高療效。
1.一般治療和對癥治療 臥床休息，消化道隔離。給予易消化、高熱量、高維生素、低脂肪飲食。限制進食牛奶以防腹脹。避免刺激性、多渣食物，防止誘發腸穿孔。退熱可用物理降溫。停用原有抗生素。忌用止瀉藥。可應用微生態制劑。
2.液體療法
(1)靜脈補液：進食少、失水明顯的患者，應靜脈輸液，以補充水分、熱量，及時糾正酸堿平衡和電解質紊亂。原則上損失多少補多少，遵循“先鹽後糖，先快後慢，糾酸補鉀”的方針。
(2)口服補液：適用於輕度失水者和靜脈補液後病情已有改善者。
3.抗真菌治療 首選制黴菌素口服。重癥或口服有困難者選用氟康唑或二性黴素B合用氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)靜脈滴註。
(1)制黴菌素：為多烯類抗真菌抗生素，因不溶於水，口服不吸收，故副作用較小。成人每次100萬U，3次/d，兒童酌減，療程10～14天。可與大蒜素合用。
(2)大蒜素：為大蒜經真空分餾得到的一種有效揮發油，化學名為三硫二丙烯，亦可人工合成。註射劑，成人每天90～150mg，加入5%葡萄糖中滴註，4～5h滴完。口服膠丸，成人每次40～60mg，3次/d，飯後服。兒童用量酌減。療程2周～4個月。
(3)氟康唑：為取代酮康唑的新一代三唑類化學制劑，對肝臟的毒副作用遠較酮康唑小。用法：成人每天200～400mg，兒童5～10mg/(kg·d)，1次口服或靜脈滴入。療程10～14天。此藥應避免與降低胃pH值的堿性藥物同服，否則影響該藥的吸收;也應避免與降血糖藥、環孢素A、苯妥英鈉、利福平、H2拮抗藥等合用，以免相互幹擾、加速代謝而降低療效。
(4)伊曲康唑：作用與氟康唑類似，僅供口服。用法及註意點同氟康唑。用於治療副球孢子菌腸炎，療程需6～12個月。
(5)兩性黴素B及其脂質體制劑(Ambisone)：供靜脈應用的多烯類抗真菌抗生素，具有較廣的抗菌譜，但副作用大，僅適用於重癥患者。此藥對地絲菌無效。用法：兩性黴素B，50mg/瓶，以去氧膽酸鈉稀釋，加入5%葡萄糖液中，成0.1mg/ml濃度，於6h內滴完。第1天0.25mg/kg，以後每天增加0.25mg/kg，至每天0.75mg/kg後改為隔天1次。通常與5-氟胞嘧啶合用，應用5～7天或病情減輕後，改用氟康唑或其他毒副作用較小的藥物。主要副反應包括：頭痛、寒戰、發熱、惡心、畏食、血栓性靜脈炎、溶血性貧血、急性腎炎、心肌炎、心率失常等，可通過應用麻醉劑、糖皮質激素、阿司匹林、抗組胺藥及堿化尿液等以減輕毒副作用。如用兩性黴素B脂質體，則毒副作用明顯減少，有利於加大用藥劑量和延長應用時間。應用方法：
①加滅菌蒸餾水將兩性黴素B脂質體稀釋成4mg/ml，並劇烈震搖使之分散均勻。
②再以5%葡萄糖液稀釋成0.2～2.0mg/ml濃度，並通過孔徑為5µm的消毒濾膜過濾，避光靜脈滴註，30～60min內滴完。
③用量：從每天1.0mg/kg逐天增加至3.0mg/kg，療程2～4周;新生兒每天1～5mg/kg，療程1個月。不宜在同一輸液管道與電解質溶液及其他藥物混用。
(6) 氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)：為化學合成的廣譜抗真菌藥，通過真菌所特有的胞嘧啶脫氨酶，轉化為5-氟尿嘧啶而幹擾真菌核酸合成。單用效果差，與兩性黴素B合用，可減少後者的用量以降低其毒性，並減少耐藥菌株的產生。常用口服膠囊，亦可用1%溶液作靜脈註射。用量：成人和兒童，50～150mg/(kg·d)，分4次口服。
(7)甲紫：適用於地絲菌腸炎。用法：甲紫膠囊，每次30mg，3次/d。可與制黴菌素或氟康唑合用。
(8)磺胺藥：適用於副球孢子菌腸炎。用法：磺胺嘧啶，成人每天4～6g，兒童每天60～100mg/kg，分3～4次口服。或磺胺甲噁唑/甲氧芐啶，成人每天2片，兒童每天1片或酌減，1次口服。療程需6個月以上。
藥療是根本，而食療能輔助藥物的治療，那麼真菌性腸炎的食療和飲食又是怎麼樣的？
藥品查詢1.病原學檢查 由於真菌廣泛分佈於自然界，甚至空氣中也常有孢子飛揚，采集糞標本和檢查操作中，應盡可能減少污染，標本要新鮮。有些真菌傳染性很強如莢膜組織胞漿菌，應註意安全防護，以免造成實驗室人員感染。
(1)直接鏡檢標本：以10%氫氧化鉀或生理鹽水制片，高倍鏡下發現大量菌絲和孢子有診斷意義。對於雙相型真菌，僅查到孢子可能是正常帶菌。真菌性腸炎的6種常見病原多數情況下直接鏡檢即可鑒定，但孢子、菌絲和其他背景物質有時相互混淆，不易辨認。
①菌絲和孢子：菌絲粗細一致，除毛黴菌外均有分隔，可見不同角度的分支，細胞質均勻，內含大小不等的顆粒。孢子多為圓形或卵圓形，多數大小一致，邊緣整齊，可見細胞構造。
②細胞壁：在氫氧化鉀溶液處理的標本中，細胞壁常變寬，連接成弧狀，類似菌絲，但無菌絲的構造。
③石棉體：比菌絲更細，不分節，無菌絲顆粒。
④植物纖維：未消化的食物殘渣，邊緣不整，無分支。
⑤脂細胞：圓形，構造模糊，無細胞壁。
⑥磷脂小球：大小不一，形狀不整，無細胞構造。
⑦氫氧化鉀結晶：雪花樣或珊瑚狀，邊緣呈鋸齒形，折光性強。
⑧小水皰：圓形，透亮，無細胞構造。
(2)染色鏡檢常用的染色方法：
①革蘭染色：適用於念珠菌，孢子、菌絲染成藍色，但著色不均。
②過碘酸錫夫染色(PA5)：真菌孢子、菌絲均染成紅色。
③丫啶橙染色：熒光顯微鏡下真菌孢子呈亮綠色。
④吉姆薩染色和瑞特染色：適用於莢膜組織胞漿菌，染色前用甲醇固定，油鏡下菌體染成紅色，較小一端有出芽，菌體周圍有一圈莢膜樣結構，為此菌的細胞壁。通常菌體位於巨噬細胞或單核細胞內，少數位於細胞外。
⑤乳酸酚棉藍染色：適用於各種真菌培養塗片，菌體染成藍色。
(3)真菌培養：糞標本直接鏡檢通常不容易確定菌種，需參考糞培養結果，觀察菌落形態，再挑取菌落染色後鏡檢。常用沙保培養基和血瓊脂培養基。對於雙相型真菌還需在不同溫度下(25℃或37℃)分別培養，以便觀察其形態改變。
①大培養：是鑒別真菌的主要方法之一，可觀察菌落的生長情況。根據菌落的生長速度、形態、色澤等，初步判別菌種。
A.試管斜面：用白金環刺破瓊脂平面，分3點將標本接種於試管斜面培養基上。此法不易污染，但菌落較小。
B.培養皿：分3點將標本接種於平皿培養基中央，倒置後放恒溫箱中培養，每3天觀察1次菌落生長情況。
②小培養：將大培養中生長較好的菌落接種在玻片培養基上。培養1～3天後，在顯微鏡下觀察菌體的特征。
A.點片法：先將少許培養基成形於載玻片中央，再將菌種接種於培養基邊緣。覆以蓋玻片，置於有U形管的玻璃平皿中，培養後於不同時間取出鏡下觀察或染色鏡檢。
B.壓片法：將菌種接種在試管斜面或平皿培養基上，覆一蓋玻片，以便菌體向蓋玻片上生長，然後於適當時間取出置於載玻片上鏡檢。
2.組織病理學檢查 有些真菌屬於人腸道內正常菌群，如白念珠菌。且真菌污染問題廣泛存在，所以糞標本病原學檢查的診斷價值有限，有時需結合腸鏡活檢結果綜合判斷。
(1)曲菌感染的病理變化：具有診斷意義，包括：
①炎癥：急性滲出性炎癥。
②潰瘍形成：由於曲菌侵犯血管，引起血管破壞，出現血栓和組織壞死;潰瘍大小不一，形態各異，可深達肌層，底面粗糙不平，有膿性滲出。
③肉芽腫：由上皮細胞和巨噬細胞組成，伴有中性粒細胞、淋巴細胞或漿細胞浸潤。
④化膿性改變：黏膜下小膿腫形成，大量中性粒細胞浸潤，其中可見菌絲。
(2)病理切片中發現真菌孢子和菌絲，是侵襲性腸炎的直接證據，有肯定的診斷意義。染色方法包括：
①過碘酸錫夫染色：真菌呈紅色。
②烏洛托品銀染色：真菌呈黑色。
③丫啶橙熒光染色：真菌呈黃色或紅色熒光。
3.免疫學檢查
(1)真菌菌素皮膚試驗：用念珠菌、曲菌、組織胞漿菌、副球孢子菌等真菌的菌素或菌苗，按不同的稀釋比例做皮膚過敏試驗，48h後出現直徑大於5mm硬結或紅斑為陽性，對於診斷臨床癥狀不典型的患者，有參考價值。
(2)血清抗原檢測：病原真菌被人體吞噬細胞等處理降解後，細胞壁和細胞漿抗原遊離於血循環中，未被清除者可經酶免疫法(EIA)、間接血凝試驗、免疫印跡法等檢測。加熱休克蛋白屬於真菌胞漿抗原。Walsh等對腫瘤並發侵襲型念珠菌病，於發病後24h內檢測有50%陽性，特異性高達96%。又如用ElA法檢測曲菌腸炎患者血清中的細胞壁抗原和能與刀豆素A結合的相關抗原，有早期診斷價值，定量檢測抗原水平達100μg/ml時，可對真菌培養陰性者做出確診。
(3)血清抗體檢測：補體結合試驗對診斷組織胞漿菌腸炎有一定價值，可參考皮膚試驗結果綜合判斷以排除假陽性。間接熒光素標記抗體定量試驗可用於診斷念珠菌腸炎。此外，尚有對流免疫電泳、乳膠凝集試驗、ELA等常用方法，以後者最為敏感。但對於艾滋病等伴有免疫功能抑制的患者，抗體檢測容易出現假陰性。
(4)蝟集反應(cumping reaction)：念珠菌病患者血清內有一種蝟集因子和抑制蝟集現象的幹擾物，前者可抑制由念珠菌在試管中的活力。血清蝟集反應在正常人普遍存在，但感染念珠菌後，由於幹擾物增多，蝟集現象被抑制。
4.動物接種試驗 對於糞標本真菌培養的菌落，其致病性如何，可進一步通過動物接種加以鑒定。
(1)接種方法：刮取培養基上的菌落，研碎，加生理鹽水稍加震蕩，濾去菌絲，制成孢子混懸液，濃度為108/ml左右，註入動物體內。根據動物的大小及接種途徑，劑量0.2～1.0ml不等，可反復多次接種以加強對動物的致病性。
(2)動物的選擇與接種途徑：因菌種不同，對動物的感染性也不同，應選擇適當的動物和不同的接種途徑：
①白念珠菌：選用兔靜脈註射或小鼠腹腔註射。
②曲菌：選用兔、小雞靜脈或腹腔註射。
③毛黴菌：選用兔靜脈註射。
④組織胞漿菌：菌液加5%胃黏液素，選用大鼠或小鼠腹腔註射。
⑤副球孢子菌：選用豚鼠睪丸內註射。
⑥地絲菌：對動物不致病。
(3)動物解剖：解剖前將動物放入5%苯酚溶液中消毒，然後在無菌條件下檢查相應組織、器官的病理改變，並取病灶材料作直接塗片和真菌培養。解剖後的動物屍體應火化，不可土埋，以免致病真菌擴散。
利用氣相色譜法測定血清中真菌代謝產物或分解產物濃度，對診斷侵襲型真菌性腸炎有一定參考價值。如念珠菌胞壁上的甘露聚糖經水解後產生甘露糖，其血清濃度在念珠菌菌血癥常大於800µg/ml，念珠菌腸炎在600～800µg/ml之間，正常人低於600 µg/ml。現代分子生物學技術飛速發展也為深部真菌病的診斷開辟瞭新的途徑。核配探針雜交和PCR技術，可測定真菌的特異性基因片段，敏感、快速，目前國內外均已開展。如Buchman等報道，念珠菌羊毛固醇去甲基酶的編碼基因，為真菌特異性基因片段，通過PCR法檢測可用於臨床診斷深部真菌病。
1.真菌性腸炎與常見腹瀉病的鑒別 細菌性痢疾是最常見的腸道傳染病之一，地絲菌腸炎不易與之鑒別。局限性腸炎和潰瘍性結腸炎則容易與組織胞漿菌腸炎混淆。
(1)霍亂：大流行現已少見，多為局部暴發流行。患者有劇烈吐瀉，吐瀉物呈米泔水樣或黃水樣，無腹痛，不發熱，常迅速出現嚴重脫水和微循環衰竭。吐瀉物直接鏡檢可見大量呈魚群樣運動的弧菌。
(2)細菌性痢疾：終年均有發病，多見於夏秋季。主要病變是結腸的化膿性炎癥。患者嘔吐少，常有發熱，腹瀉伴腹痛、裡急後重，左下腹壓痛。大便混有膿血，鏡檢可見紅細胞、膿細胞和巨噬細胞，培養有痢疾桿菌生長。
(3)阿米巴痢疾：以散發為主。患者常隱匿起病，腹瀉輕重不一，毒血癥少，腹痛與裡急後重不明顯，與真菌性腸炎頗為相似。但糞便與膿血不混合，典型者呈果醬樣，腥臭，鏡檢以紅細胞為主，可見吞噬紅細胞的阿米巴滋養體和夏科-雷登結晶。乙狀結腸鏡檢見腸黏膜散在潰瘍，邊緣整齊，充血隆起，潰瘍間黏膜正常。潰瘍塗片或活檢可見滋養體。
(4)傷寒與副傷寒：副傷寒丙可呈胃腸炎型發作，但病程短，預後好，多在3～5天內恢復。傷寒與副傷寒甲、乙以高熱、全身毒血癥癥狀為主，可伴有腹痛，但腹瀉少。血或骨髓培養有傷寒或副傷寒桿菌生長即可確診。
(5)局限性腸炎：或稱Crohn病，通常病史漫長，有明顯發作與緩解交替出現的現象。X線鋇餐顯示病變以回腸末端為主，有邊緣不全的線條狀陰影，病變呈節段分佈，間以擴張的腸曲，即所謂脫漏征。
(6)潰瘍性結腸炎：臨床表現為反復發作的腹瀉、膿血便，可伴有發熱。病變以乙狀結腸、直腸最為嚴重，或累及整個結腸。腸鏡檢查可見腸黏膜充血、水腫及潰瘍形成，黏膜松脆易出血。糞培養無致病菌生長。晚期病例X線鋇餐顯示結腸袋消失，腸管呈鉛管樣變化。
(7)難辨梭狀芽孢桿菌性腸炎：兩者均常出現於應用抗生素治療之後，難辨梭狀芽孢桿菌多引起假膜性腸炎，其特征是結腸黏膜深處壞死性炎癥，出現滲出性斑或形成大片假膜。病原學檢測可以鑒別。
(8)其他腹瀉：過敏性腹瀉有進食魚蝦或接觸變應原史，既往有類似藥物性腹瀉有服用瀉藥史;酶缺乏性腹瀉有遺傳病傢族史。通過詳細詢問病史，結合糞病原學檢查，均不難鑒別。
值得註意的是，對於細菌性腸炎和病毒性腸炎，通常以糞標本中找到病原體為主要鑒別依據。而對於真菌性腸炎，即使糞培養有真菌生長，仍難以確診，因為糞標本很容易被真菌污染，而且，有些真菌屬於腸道正常菌群。
2.不同類型真菌性腸炎之間的鑒別 組織胞漿菌和副球孢子菌腸炎為地方性流行病，在我國少見，鑒別意義不大。
直腸放線菌可形成亞急性或慢性肛周膿腫、坐骨直腸窩膿腫或直腸旁膿腫。直腸周圍病變多由腹內病變波及而來，表現為腹瀉、便秘、裡急後重或較稀帶黃色顆粒的膿血便。