咽狼瘡與其他部位的狼瘡相同，以隱襲起病和無痛發展為其特點。當面部或鼻部發生狼瘡，而咽部又有典型的蘋果醬樣結節發生時，診斷容易，但仍需通過活檢方可確診。本病需與咽結核及三期梅毒相鑒別。
病程進展極慢，病人常不知何時起病。一般癥狀輕微，常感咽部不適及粘著感，吞咽稍有不便，通常無咽痛，全身情況較好。懸雍垂常為首發部位，繼而侵及舌腭弓及軟腭，但扁桃體極少受侵犯。按臨床經過可分四期。
1.粘膜下浸潤期 粘膜蒼白、腫脹、微幹而有光澤，失去柔軟性。
2.結節增生期 狼瘡結節色淡紅或淡黃，大如小米，多數結節聚集成顆粒狀的狼瘡病病灶，病灶上的結節有時因粘膜充血不易辨認，塗以腎上腺素液、結節常可顯示出典型的蘋果醬色。
3.潰瘍期 結節潰爛而成潰瘍，表面可有白色假膜覆蓋，潰瘍一般較淺，邊緣凸起含有結節，底部常有肉芽。
4.瘢痕形成期 潰瘍常可自愈而形成光滑的瘢痕，懸雍垂可因軟腭收縮而縮短。