1.細菌性痢疾 由志賀菌屬引起，腹瀉以膿血或黏液狀便較常見，量少，並常有裡急後重，多有寒熱。糞便鏡檢可發現大量膿細胞、紅細胞和吞噬細胞。嬰幼兒中毒型菌痢或非典型菌痢應以病原學診斷來鑒別。
2.病毒性腹瀉 由腸道病毒感染引起的腹瀉，其特點是高度傳染性。輪狀病毒、小圓病毒等感染早期有嘔吐，相繼腹瀉，多呈水樣便並有黏液，多發生在秋冬季。其他病毒性腹瀉多見於夏秋季，有惡心嘔吐，除消化道癥狀外，常有呼吸道癥狀，咽炎，並發輕癱，常累及頸肌、背肌。周歲內小兒多見有綠色水樣便或蛋花樣水便。抗生素治療一般無效，病程多在5～7天自愈。用血清學及病毒分離進一步鑒別。
3.空腸彎曲菌性腸炎 空腸彎曲菌引起輕癥與病毒性腸炎相似，重癥與潰瘍性結腸炎或克羅恩病相似。有發熱，腹瀉水樣或黏液樣便，有惡臭，呈膽汁色，重癥有膿血便，似菌痢多在1周恢復。兒童患者常有腹絞痛，高熱時可發生驚厥。發病多與接觸傢禽、傢畜或飲用未消毒牛奶、生水有關。暗視野鏡檢可發現射箭樣活潑動力的彎曲菌，細菌培養進一步診斷。