(一)發病原因
由於染色體的數目及結構異常所致。一般認為與遺傳有關，其遺傳方式有以下幾種：
1.多基因遺傳 但尚未肯定。
2.伴性隱性遺傳或男性限性的常染色體顯性遺傳。
正常情況下男性胚胎早期的睪丸分泌事丸酮和副中腎管抑制因子，睪丸酮促使中腎管發育為男性生殖系統，包括附星輸精管、精囊、前列腺及陰莖及陰囊副中腎管抑制因子則促使副中腎管退化。在XY單純性腺發育不全的患者，由於染色體出現基因突變胚胎期的睪丸不發育，不分泌事丸酮和副中腎管抑制因子，於是中腎管退化不再發育為男性生殖器，而副中腎管卻發育為女性生殖系統。
性染色體為決定性別的染色體，共有一對，男的為XY，女的為XX，在減數分裂時女性提供一個X染色體，男性提供一個Y染色體，結合後結果為XY或XX，且概率相等。正常情況下，性染色體組成首先奠定瞭性別的區分，其後性腺分化、內外生殖器官分化皆在整個胚胎期完成，基本建立瞭整套的生殖器官系統，出生時完全可辨認胎兒男性或女性，兒童期生殖器官系統仍處於幼稚狀態下，至青春期隨著大腦功能和生殖內分泌系統功能的不斷完備，隨之性功能活動亦日趨完備，最終進入性發育成熟期。所以在性分化過程中，任何環節受到損害，皆可影響正常生育功能。
臨床診斷：
46,XY單純性腺發育不全常見的表現是睪丸不發育，雙側性腺呈條索樣，中腎管未能發育為男性生殖系統，，而副中腎管發育為輸卵管、子宮與部分陰道，外生殖器呈女性表現
青春期表現：
進入青春期年齡後，患兒出現第二性征發育落後或缺乏，無月經來潮，且外生殖器持續呈幼稚型。患兒生長發育正常，無生殖索以外的先天畸形， XY單純性腺發育不全者因殘餘的索條狀性腺組織中可能有門細胞，產生少量雄性激素，至青春期後可能發生部分男性化表現，如陰蒂肥大等。此外，XY單純性腺發育不全者殘存的條索狀性腺組織極易發生腫瘤性病變，其機制不明。
成年後表現：
體型呈去勢狀，乳頭不發育，有子宮、陰道，但均發育不良，無正常發育的卵泡，所以不能行經、排卵及受孕。患者外表為女性，第二性征發育欠佳，陰蒂可較大，智能正常，不矮小，亦無頸蹼。
臨床僅有性腺發育異常的特點，單純青春期與性征發育落後的女性患者即應想到本病。
檢查診斷：
實驗室染色體核型檢查，染色體核型(46,XX或46,XY)、性激素和促性腺激素檢測、腹腔鏡檢查及組織學檢查，對本病具有確診價值。
小兒46,XY單純性腺發育不全綜合征食療方(下面資料僅供參考，詳細需要咨詢醫生)
條索狀性腺切除後的飲食療養：
1、參芪健脾湯
配方:高麗參 10G ,黃芪 10G ,黨參 18G ,山藥 18G ,枸杞子 15G ,當歸 10G ,陳皮 5G ,桂圓肉 14G .豬排骨 300G 或整光雞 1 隻,清水適量.制法:高麗參,黃芪等中藥洗凈後放入佈袋中紮口,和排骨或雞一起加水煮.先大火後小火,煮 2-3 小時.撈出佈袋,加入鹽,胡椒等調味品即可.每次 1 小碗,每天 1 次.以上物料可做出 5 小碗.吃肉喝湯.多餘的放入冰箱保存.功效: 健脾益肺,開胃壯神。本膳適用於條索狀性腺切除後的調理。
2、 薏苡仁粥：薏苡仁50克，大米100-150克，加水煮粥食用;
3、蘿卜粥：蘿卜切片或切絲和大粘適量煮粥;
小兒46,XY單純性腺發育不全綜合征吃那些對身體好?
1、適宜食物:牛奶,菠菜,山藥,白菜,油菜,香菇,瘦肉,雞蛋,鯽魚,蘋果,鴨梨,大棗,花生,黑米等.
2、在病人恢復飲食後，早期宜進食一些清淡的湯水，如魚湯、肉湯、蛋湯等。
3、多吃含有植物雌激素的食物。除大豆及豆制品外，小麥、黑米、扁豆、洋蔥、蘋果、石榴、銀杏、茴香、葵花子、咖啡和橙汁等食物中，植物雌激素含量也很多。
4、可以多吃營養豐富、好吸收、好消化的食物，口味清淡、多吃新鮮蔬菜瓜果、蘑菇類食物，可吃豬肉、鴨肉、鴿子肉。
小兒46,XY單純性腺發育不全綜合征最好不要吃那些食物?
1、切除手術後不宜過早進食牛奶類甜食，因其易在腸道內發酵產生氣體，使病人食後感覺腹部脹氣不適。
2、不要吃辣椒、花椒等辛辣食物。
3、不要吃生冷的、油膩的、油炸的、醃制的、煙熏的食物等。
4、忌發物。手術兩周後，盡管恢復得很好，但是這段時間機體抵抗力還是很弱的，炎癥發生的危險依然存在，故必須禁忌發物，如羊肉、魚蝦、牛肉、狗肉等。
造成先天性疾病的原因甚為復雜，包括妊娠期間的感染、高齡生育、近親婚配、輻射、化學物質、自體免疫、遺傳物質異常等。
預防措施包括避免近親結婚、攜帶者基因檢測、產前診斷和選擇性人工流產等防止患兒出生。
進行遺傳咨詢：
對於有傢族病史的：要遺傳咨詢可以幫助患病成人進行選擇性生育。
婚前體檢在預防出生缺陷中起到積極的作用，作用大小取決於檢查項目和內容，主要包括詢問疾病傢族史、個人既往病史等，做好遺傳病咨詢工作。在妊娠期產前保健的過程中需要進行系統的出生缺陷篩查，包括定期的超聲檢查、血清學篩查，進行染色體檢查。
保健品查詢小兒46-XY單純性腺發育不全綜合征中醫治療方法暫無相關信息
中藥材查詢小兒46-XY單純性腺發育不全綜合征西醫治療方法手術治療：睪丸,條索狀性腺有發生惡變的可能，應予切除。肥大的陰蒂亦可切除.
藥物治療：均可行雌孕激素替代治療
預後：
可使月經來潮，但不能受孕。
藥療是根本，而食療能輔助藥物的治療，那麼小兒46-XY單純性腺發育不全綜合征的食療和飲食又是怎麼樣的？
藥品查詢激素檢查：患者血或尿中促性腺激素增高，而血中性激素水平降低，尿中雌激素和17-酮類固醇也降低。
染色體核型分析：是指體細胞染色體在光學顯微鏡下所有可測定的表型特征的總稱。本病為46,XY。
腹腔鏡檢查：可見發育不全的殘餘子宮及替代卵巢的兩條灰白色生殖索。
組織學檢查：與Turner綜合征相似，殘留的生殖索組織中無卵泡。
剖腹探查 : 卵巢均小，性腺呈條索狀，長約 2~3cm ，寬 0.5cm 。顯微鏡下觀察，條索內有薄的皮質、髓質和門部。皮質內為典型的卵巢間質，細胞長波浪形，門部有門細胞及卵巢網。在胚胎 12 周前此種胚胎的卵巢有正常數的原始卵泡。隨著胎兒長大，原始卵泡數又逐漸減少，至成人時幾乎沒有。
生殖系統B超檢查:瞭解子宮、附件、陰道、前列腺、睪丸等情況。
在人體內，控制青春發育是通過下丘腦-垂體-性腺軸來調節的。任何原因如先天性疾病、外傷、手術、感染、腫瘤、營養不良或過剩、生活習慣及職業等造成這條軸功能異常，均可引起性腺疾病，包括性早熟、性幼稚、性分化異常。
Turner綜合征: 患者呈女性表現，第二性征不發育，身矮、蹼頸、肘外翻、性腺呈條索狀等臨床特點。染色體檢查，發現隻有一條 X 染色體。故稱為先天性性腺發育不全,沒有 Y 染色體的性腺，隻有發育為卵巢.
主要不同點為：①本病患兒除性征和外生殖器發育落後外不伴其他表現如身材矮小，多發畸形和智能落後等;②染色體核型絕大多數患兒呈46,XY等。
睪丸女性化癥: 睪丸女性化綜合征患者有睪丸,但體型與外生殖器的表現型為女性，所以稱睪丸女性化綜合征。染色體組型為46XY，HY抗原陽性。睪丸內有發育良好的間質細胞，所分泌的雄激素也可達正常水平，但無男性生殖管道，外生殖器呈女性型，並且有女性體態。
Mayer-Rokitansky-Küster綜合征: 副中腎管發育障礙所致,主要表現為先天性無陰道、始基子宮,女性第二性征、外生殖器、輸卵管、卵巢均正常.
XX單純性性腺發育不全：其表現與本病類似。因為上述二種疾病均為性腺發育不全，無正常發育的卵泡，所以均不能行經、排卵及受孕。
真兩性畸形：患者體內同時存在卵巢及睪丸兩種性腺，或在一個性腺內存在卵巢及睪丸兩種性腺組織，故稱兩性畸形。