組織病理檢查可見囊狀結構，充滿角質。囊壁由角化的復層扁平上皮構成，腔內束條狀增生的上皮組織，自中央向外呈放射狀排列。可見上皮組織有皮脂及小角質囊腫。真皮內有襯以鱗狀上皮的大囊腔，囊腔內可見角質，也常見雙折光的毛幹碎片。在有中央孔的病例中，大囊腔與表面表皮連續，說明該囊腔為擴大、扭曲的毛囊。有些病例的真皮內尚見1或2個附加的囊腔。從這些“原發”毛囊壁放射出很多分化良好的“繼發”毛囊。分化良好的繼發毛囊常見有毛乳頭，且常有外和內毛根鞘，內毛根鞘含嗜酸性毛透明顆粒，中央有纖細毛發。繼發毛囊壁內嵌有小簇皮脂腺細胞。所有毛囊瘤的上皮索與繼發毛囊相互連接。這些上皮索因向外毛根鞘方向分化，故周圍一排細胞呈柵狀，其中細胞因含糖原，所以大而呈空泡狀。